TYPLM

Contexte

Comme relevé par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), la production mondiale de produits aquatiques continue à progresser ce qui suit la progression de la consommation humaine mondiale en produits aquatiques.  En 2017, en Europe, la listériose, maladie due à la bactérie pathogène Listeria monocytogenes, se situent au 5^ème rang en nombre de cas mais au 1^er rang en nombre de décès avec un taux de mortalité de 13,8 %. En France plus de quinze toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ont été associées à des produits de la mer sur les 30 dernières années (Bourdin, 2009).

En Europe, des TIAC liées à la consommation de produits de la mer ont été régulièrement reportées : entre 2007 et 2010 suite à la consommation de chaire de crabe (Nielsen et al., 2017), entre 2013 et 2015 suite à la consommation de poisson fumé au Danemark (Gillesberg Lassen et al., 2016), entre 2015 et 2017 suite à la consommation de poisson fumé au Danemark et en France (Schjørring et al., 2017), en 2018 dans plusieurs pays Européens suite à la consommation de poisson fumé produit en Pologne (EFSA, 2018) et entre 2018 et 2019 liée à la consommation de poisson mariné en Norvège (FSN, 2019). Au premier semestre 2020, aux Pays-Bas, six personnes ont été hospitalisées avec deux décès suite à la consommation de filets de truite fumée et une autre personne décédée mais sans information sur les causes du décès (Whitworth, 2020). Au second semestre 2020, deux cas de listérioses déclarés en Autriche ont été ensuite raccordés à d’autres cas au Danemark (1 cas) et en Allemagne (30 cas) (Rasff, 2020, Whitworth, 2020).

La méthode de référence de caractérisation des souches de L. monocytogenes lors d’épidémies et pour les entreprises a longtemps été la PFGE (électrophorèse en champ pulsé) du fait de son fort pouvoir discriminant et de la possibilité d’échanger des profils entre laboratoires. Cette méthode ne permet pas de structurer les populations du point de vue de leur phylogénie car elle ne permet pas de définir le lien génétique entre des souches ayant des profils PFGE différents. Depuis 2008, la méthode de MLST a été largement utilisée pour apporter une meilleure compréhension de la phylogénétique des souches. Cette méthode permet de comparer la distribution des CCs au niveau international sur la base d’une nomenclature uniforme et des bases de données librement accessibles via internet (https://bigsdb.pasteur.fr/listeria/listeria.html).

Plusieurs études ont porté sur le typage d’isolats de L. monocytogenes par MLST et en parallèle typées par la méthode PFGE ce qui permet de faire des corrélations entre les deux types de données (Maury et al., 2016, Félix et al., 2018). Les CC1, CC2, CC4, et CC6, qui ont été définis comme hyper-virulents, ont été fortement associés à des origines cliniques plutôt pour les infections du système nerveux et pour le fœtus alors que les CC9 et CC121, qui ont été déterminés comme hypo-virulents, ont été associés avec les patients ayant un système immunitaire déficient (Maury et al., 2016). Dans la filière des produits de la pêche, le CC121 est prédominant dans une proportion plus importante que dans les autres filières (Nielsen et al., 2017, Félix et al., 2018). Toutefois toutes les épidémies reportées impliquant des produits de la pêche ont été liées à d’autres CCs comme les CC1 (Nielsen et al., 2017), CC89 (Lassen et al., 2016), CC8 (Lassen et al., 2016, Schjørring et al., 2017, EFSA, 2019).