Résumé du projet

En France, 39 % des débarquements méditerranéens sont issus de populations évaluées tandis que 61 % des débarquements sont constitués d’espèces dont l’état des populations est méconnu. La méthode d’échantillonnage utilisée à ce jour pour estimer la biomasse des populations d’intérêt halieutique est le chalutage scientifique. Celle-ci est critiquée car elle ne permet pas la capture de toutes les espèces d’intérêt, génère des impacts notables sur les habitats benthiques et capture un nombre non négligeable de prises accessoires d’espèces parfois rares ou en danger d’extinction.

De nouvelles techniques faisant appel à la collecte et à l’analyse d’ADN environnemental (ADNe ici contenu dans la colonne d’eau) par des approches dites de « métabarcode » ou de « PCR digitale » ont commencé à montrer leur efficacité pour recenser la biodiversité. Elles permettent de développer des protocoles non destructifs pour les études écologiques et de suivi des stocks. Cependant, la qualité de cette estimation varie selon les conditions environnementales et les espèces ciblées. Les méthodes ont donc besoin d’être standardisées et adaptées à l’écosystème méditerranéen.

Le projet ECAP propose d’utiliser le métabarcode pour réaliser des inventaires d’espèces et de mettre en place des protocoles standardisés pour l’évaluation de la biomasse de 5 espèces d’intérêt commercial en Méditerranée par PCR digitale. Pour cela, nous proposons d’améliorer les techniques de pompage d’eau pour l’obtention d’échantillons d’ADNe représentatifs et de tester la corrélation entre la concentration d’ADNe (obtenue par PCR digitale) des 5 espèces cibles et leur biomasse estimée par chalutage. Le métabarcode sur les mêmes échantillons d’ADNe sera également utilisé pour obtenir un inventaire plus détaillé de la diversité des espèces présentes dans différents sites du golfe du Lion et le comparer avec celui des espèces chalutées, notamment pour les 61% d’espèces débarquées et non suivies.